Se crea en la Ley Orgánica 14/2003, de 20 de noviembre (BOE nº 279, de 21 de noviembre de 2003), cuyo artículo primero, 37 introduce un nuevo artículo (71) en la Ley Orgánica 4/2000, de 11 de enero, sobre derechos y libertades de los extranjeros en España y su integración social (BOE nº 10, de 12 de enero de 2000), que dispone la creación del Observatorio Español del Racismo y la Xenofobia. El Real Decreto 1600/2004, de 2 2/07/2004 (BOE nº 160, de 3 de julio de 2004) lo adscribe a la D.G. de Integración de los Inmigrantes. Esta adscripción se mantiene, con rango de Subdirección General, en los Reales Decretos de estructura orgánica básica del Ministerio de Trabajo e Inmigración 1129/2008, de 4 de julio (BOE nº 165, de 9 de julio de 2008) y 777/2011, de 3 de junio (BOE nº 133, de 4 de junio de 2011). En los Reales Decretos de estructura del Ministerio de Empleo y Seguridad Social 343/2012, de 10 de febrero (BOE nº36, de 11 de febrero de 2012) y 703/2017, de 7 de julio (BOE nº 162, de 8 de julio de 2017), queda adscrito al Ministerio a través de la Secretaría General de Inmigración y Emigración. Queda adscrito a la D.G. de Integración y Atención Humanitaria por el Real Decreto 903/2018 de 20/07/2018 (BOE nº 176, de 21 de julio de 2018; artículo5.3), con el código DIR3 EA0021773 Observatorio Español del Racismo y la Xenofobia.

En 2020 pasa a integrarse en el en el nuevo Ministerio de Inclusión, Seguridad Social y Migraciones por Real Decreto 497/2020, de 28 de abril (BOE nº121, de 1 de mayo de 2020), dependiente de la D.G. de Inclusión y Atención Humanitaria.