Creada en la estructura establecida por Real Decreto 903/2018, de 20 de julio, por el que se desarrolla la estructura orgánica básica del Ministerio de Trabajo, Migraciones y Seguridad Social (BOE nº 176, de 21 de julio de 2018). En 2020 pasa a integrarse en el en el nuevo Ministerio de Inclusión, Seguridad Social y Migraciones por Real Decreto 497/2020, de 28 de abril, por el que se desarrolla la estructura orgánica básica del Ministerio de Inclusión, Seguridad Social y Migraciones (BOE nº 121, de 1 de mayo de 2020), con el nuevo nombre de S.G. de Programas de Acogida y Atención Humanitaria (2020-...)